Inkscape kann an sich nur PNGs in 8-bit Farbtiefe pro Kanal exportieren. Das kann man/frau aber umgehen, indem man/frau die SVGs mittels ImageMagick in PNGs mit 16-bit Farbtiefe pro Kanal konvertiert.
Ein Beispiel:
$ magick -depth 16 {Ausgangsbild}.svg {Ergebnis}.png
Diese PNGs können dann anschließend in 16-bit in CinePaint weiterbearbeitet werden (seht hierzu auch das folgende Schema):

Denkbar ist ggf. auch ein Compositing von Grafiken aus CinePaint und Inkscape mittels ImageMagick.